Diese Schule des Hatha Yoga ist nicht zu verwechseln mit dem eher philosophischen System des Raja Yoga, das hauptsächlich auf den „Yoga Sutras“ von Patanjali aufbaut und für das auch der Ausdruck „Ashtanga Yoga“ verwendet wird.

Genau betrachtet, versteht sich das Hatha Yoga System (mit den zwei Gliedern Asana und Pranayama) als ein Teil des philosophischen Systems (mit den acht Gliedern Yama, Niyama, Asana, Pranayama, Pratyahara, Dharana, Dhyana, Samadhi). Es ist nicht bekannt, wie alt das System ist und wie lange es bereits mündlich überliefert wurde. Nach den Angaben des Sanskrit und Yoga Gelehrten Tirumalai Krishnamacharya ist die älteste geschriebene Quelle für dieses Ashtanga Yoga System das Manuskript „Yoga Korunta“ (Sanskrit für „Yoga Gruppen“) von Vamana Rishi, der es vor Jahrhunderten auf Palmblättern beschrieben haben soll.

Krishnamacharya fand nach eigenen Angaben eine Kopie des Manuskripts in der Bibliothek von Kolkata (vorher Kalkutta). Er unterrichtete ab 1927 Krishna Pattabhi Jois und andere in diesem Yoga. Ab 1937 unterrichtete K. P. Jois selbst dieses Yoga am Sanskrit College in Mysore. 1948 gründete er das „Ashtanga Yoga Research Institute“ in seinem Wohnhaus in Mysore. 1964 hatte er seinen ersten westlichen Schüler (André van Lysebeth). 1973 begann er zum ersten Mal, einen Westler (David Williams) in das vollständige System einzuführen. Erst in den 1990er Jahren wurde es bekannter durch Prominente wie Madonna oder Sting.